معاونت پژوهش مدرسه علمیه رکن الملک در مسیر وظایف تعیین شده خود، اهدافی را دنبال می‌کند که از جمله مهم‌ترین آن‌ها می‌توان به تدوين نظام جامع پژوهشى «حوزه تحول خواه» و تهيه طرح‏‌ها و مطالعات توسعه‌اى، نهادينه ساختن و تمركز پژوهش‌‏هاى فردى و گروهى و هم‌چنین آسيب‏‌شناسى، ترميم و ساماندهى پژوهش‌‏هاى طلاب و فضلاء اشاره کرد.
این معاونت تحت مدیریت حجة الاسلام و المسلمین محمدرضا طاهری در راستای تربیت طلاب پژوهشگر و پاسخگو به مسائل علمی در زمینه‌های مختلف با برگزاری دوره‌ها و نشست‌های علمی، پژوهشی تلاش می‌کند.
طرح پژوهشی نباء ویژه مبلغین، گفتمان طلبه عصر امام خمینی رحمة الله علیه، کانون طب، کانون اقتصاد اسلامی و … از جمله کانون‌های علمی پژوهشی این مدرسه با محوریت طلاب می‌باشد.